本作の主人公はレッドという少年で、冒険の舞台となるのはカントー地方。
レッドはオーキド博士から初めてのパートナーとなるポケモン・ヒトカゲをもらい、博士からポケモン図鑑の完成を託され、レッドのライバルである少年・グリーンとのバトル、ジムリーダー・タケシへの挑戦、悪の組織・ロケット団とそのボス・サカキとの壮絶な戦い、その先に待つ未知のポケモンとの遭遇など様々な出会いと戦いが繰り広げられる壮大な冒険が始まる。